吴茱萸是芸香科吴茱萸属植物吴茱萸、石虎或疏毛吴茱萸的干燥将近成熟果实。吴茱萸不能等彻底成熟才去采收，应在每年7-8月份，吴茱萸果实呈茶绿色而心皮未分离时采收。在露水未干前采摘整串果穗，不要摘断果枝，采收后晒干，用手揉搓，使果柄脱落，扬净。如遇雨天，要用微火烘干。
我国古代的医生们很早就将吴茱萸入药，吴茱萸被收录进了我国最早的一部本草学著作《神农本草经》中，列为中品。《神农本草经》记载吴茱萸：“主温中下气，止痛，咳逆寒热，除湿血痹，逐风邪，开腠理”。传统中医认为吴茱萸味辛、苦，性热，有小毒，归肝、脾、胃经，有散寒止痛、疏肝下气、温中燥湿的功效，主治脘腹冷痛、厥阴头痛、疝气痛、痛经、脚气肿痛、呕吐吞酸、寒湿泄泻。
吴茱萸是治疗消化道疾病的一种常见药，中医认为它对沉寒积冷引起的胃脘疼痛、泄泻、消化不良等疾病有较好的疗效。《名医别录》记载吴茱萸：“去痰冷，腹内绞痛，诸冷实不消，中恶，心腹痛，逆气，利五脏”。《药性论》记载吴茱萸：“主心腹疾，积冷，心下结气，心痛，治霍乱转筋，胃中冷气，吐泻腹痛不可胜忍者；疗遍身顽痹，冷食不消，利大肠壅气”。《食疗本草》记载吴茱萸：“主痢，止泻，厚肠胃，肥健人”。《伤寒论》中的吴茱萸汤，是以吴茱萸和人参、生姜配伍使用，治疗厥阴头痛、呕吐涎沫的。从这些记载来看，吴茱萸对消化不良、霍乱痢疾等可引起消化道反应的疾病有一定的治疗作用。
现代药理学研究也证实了吴茱萸有抗实验性胃溃疡作用，能抑制实验大鼠胃条的自发活动，双向调节实验动物小肠活动，低浓度时促进实验动物小肠蠕动，高浓度时又能抑制实验动物小肠蠕动，这也解释了吴茱萸为什么既能治疗消化不良，又能止泻。
吴茱萸对消化道肿瘤也有较好的抗肿瘤作用。现代药理实验证实吴茱萸对胃癌细胞SGC-7901具有显著的细胞毒作用，能诱导胃癌细胞的凋亡。吴茱萸对小鼠肝癌腹水型HepA的生长具有明显的抑制作用，吴茱萸碱在高、中、低剂量下对小鼠肝癌H22的生长具有抑制作用。吴茱萸还能控制腹水。
动物实验证实，吴茱萸碱与小檗碱（黄连素）联合使用抗癌止吐的效果更佳，而这二者的结合正是中医名方左金丸的组成部分。左金丸是金元四大名家之一的朱丹溪的一张经验方，该方由黄连与吴茱萸按照6:1的比例组合而成。按照传统中医的理论，左金丸具有清肝泄火，降逆止呕的功效，主治胁肋胀痛、呕吐口苦、嘈杂吞酸等为表现的肝火犯胃证。现代主要用其治疗急慢性胃炎、胃溃疡等证属肝火犯胃者，也可用于治疗胃癌、胆囊癌、肝癌等见上述症状者。
吴茱萸治疗腹水的功效在古代本草学著作中也有记载，如《日华子本草》就记载其：“治腹痛、肾气、脚气、水肿”等。中医有以吴茱萸为主要成分的治疗水肿腹胀的方子。
如《医方类聚》中就收录了一张治疗“水肿腹胀”的“吴茱萸丸”，该方组成为：吴茱萸4两（120g），甜葶苈子2两（60g，炒），甘遂1两（30g，水煮）。这张方子中的三味药从现代药理学的角度来看，都有利水消肿的作用，所以它可以治疗胸腔积液（胸水）、腹腔积液（腹水）或盆腔积液。
《百一选方》中也收录了一张治疗“痰饮上气，不思饮食，小便不利，头重昏眩，或头痛背寒，呕吐酸水”的“吴仙丹”，该方组成为：白茯苓、吴茱萸（汤泡去沫）各等份，上药为细末，炼蜜为丸，如梧桐子大。每次服用30丸。这里的茯苓和吴茱萸都有利尿消肿的作用。
吴茱萸不止对消化道肿瘤有抑制作用，也对肺腺癌、乳腺癌、白血病、宫颈癌、黑色素瘤、涎腺腺样囊性癌细胞、纤维肉瘤、前列腺癌、结肠癌等有抑制作用。吴茱萸能抑制癌症的肺转移。
古代文献记载的吴茱萸止痛的作用也得到了现代药理学研究的证实，吴茱萸碱对中枢神经系统有明显的作用，其作用体现在镇痛和抗焦虑两个方面。吴茱萸碱可减轻醋酸所致牛蹄反应和福尔马林实验2相反应，降低实验动物致炎足爪的痛感。
吴茱萸止泻作用较强，中医止泻名方四神丸中就含有吴茱萸。吴茱萸外用也可止泻，《中西医结合杂志》就收录了一张名为吴萸散的治疗小儿急性、慢性、迁延性腹泻的外用方，该方组成为：吴茱萸2g，丁香1.5g，木香1.5g，肉桂3g，苍术3g。将以上五味混合粉碎，过筛，即得。使用时取适量药粉，用食醋调糊状敷在肚脐上，用胶布封严，每2日换药1次。这种外用法也可用于治疗癌症患者化疗和靶向药引起的腹泻，为方便使用，建议患者直接购买空的膏药贴，将药粉用醋调和好后，装入膏药贴，直接贴在肚脐上。
综上所述，吴茱萸对解决肿瘤患者的多方面问题都有一定的作用，所以它是肿瘤科常用的一种具有多种功效的中药。但吴茱萸有一定的毒性，使用时应注意控制用量。